酵母雙雜交系統的建立得力于對真核細胞調控轉錄起始過(guò)程的認識。研究發(fā)現，許多真核生物的轉錄激活因子都是由兩個(gè)可以分開(kāi)的、功能上相互獨立的結構域(domain)組成的。例如，酵母的轉錄激活因子GAL4，在N端有一個(gè)由147個(gè)氨基酸組成的DNA結合域(DNA binding domain,BD)，C端有一個(gè)由113個(gè)氨基酸組成的轉錄激活域(transcription activation domain,AD)。GAL4分子的DNA結合域可以和上游激活序列(upstream activating sequence，UAS)結合，而轉錄激活域則能激活UAS下游的基因進(jìn)行轉錄。但是，單獨的DNA結合域不能激活基因轉錄，單獨的轉錄激活域也不能激活UAS的下游基因，它們之間只有通過(guò)某種方式結合在一起才具有完整的轉錄激活因子的功能。

2．4、酵母細胞中，已分離的DNA結合域和轉錄激活域不會(huì )相互作用，但誘餌蛋白若能與待篩選的未知蛋白特異性地相互作用，則可激活報告基因的轉錄；反之，則不能。利用4種報告基因的表達，便可捕捉到新的蛋白質(zhì)。

    真正明了酵母雙雜交技術(shù)的主要原理及篩選方法是進(jìn)行酵母雙雜交實(shí)驗的前提，構建成功的誘餌質(zhì)粒及大量的材料準備是進(jìn)行酵母雙雜交實(shí)驗的保證。只有明了雙雜交的原理，才有可能設計實(shí)驗進(jìn)程、才能有目的的進(jìn)行材料準備，并能對實(shí)驗結果作出預測與分析，尤其要對具體實(shí)驗中各種選擇性壓力培養基的使用目的要十分清楚。大量的材料準備、較長(cháng)的實(shí)驗流程是酵母雙雜交有別于其他實(shí)驗的特點(diǎn)，而其操作技術(shù)本身并不十分困難。特別應提出的是，一個(gè)陽(yáng)性克隆的編號往往要被反復記錄多次，因此，要時(shí)時(shí)注意編號的正確性。另外，若從公司購得待篩選的酵母cDNA文庫，應注意不同的公司有不同的產(chǎn)品，且各公司的產(chǎn)品不斷更新?lián)Q代，要認真閱讀實(shí)驗指導手冊，以防出現失誤。