目的:骨關(guān)節炎是最常見(jiàn)的退行性慢性關(guān)節疾病,然而其具體的基因機制至今 尚不完全清楚,通過(guò)基因芯片檢測OA細胞模型的基因表達譜變化,為深入研究OA發(fā)病機制提供更多生物學(xué)依據?
方法:胰酶結合膠原酶分離獲得小鼠原代軟骨細胞,以50ng/mL的腫瘤壞死因子α(TNF-α)孵育原代軟骨細 胞24h制備OA細胞模型? 收獲細胞提取總RNA用于基因芯片檢測,以表達差異倍數(fold change,FC)>2且 P< 0.01為條件篩選差異表達基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物信息學(xué)軟件對差異表達結果進(jìn)行基 因功能分類(lèi)體系(gene ontology,GO)?KEGG通路注釋分析?
結果:原代軟骨細胞經(jīng)TNF-α處理后,共篩選獲得 8096個(gè)表達上調DEG和6413個(gè)表達下調DEG,其中有諸如基質(zhì)金屬蛋白酶?炎性因子?基因凋亡及成骨相關(guān)基因 等已知的OA相關(guān)的差異表達基因? 此外,還有Olfml1等olfactomedin超家族成員?Nf1等未見(jiàn)報道的與OA相關(guān)的 基因,尤其發(fā)現大量細胞色素超家族成員基因的異常表達,提示線(xiàn)粒體相關(guān)功能基因及信號途徑可能與OA進(jìn)程有 重要關(guān)聯(lián)?
結論:項目從轉錄組水平整體分析了TNF-α誘導的OA軟骨細胞模型基因表達譜變化,為進(jìn)一步深入 探究OA發(fā)病機制提供了新思路?