某些標記探針必須經(jīng)純化后方可使用。這是因為在探針標記過(guò)程中，反應液中仍存在一些未被結合到探針中去的剩余dNTP等小分子。

      為將摻入并結合到cDNA，cRNA和標記寡核苷酸與游離的標記寡核苷酸分開(kāi)，常使用乙醇沉淀法或酚/氯仿抽提法進(jìn)行純化。

      乙醇沉淀法的原理是：DNA可被乙醇沉淀，而未摻入DNA的dNTP則保留在上清液中，由此反復乙醇沉淀能將兩者分開(kāi)。

      核酸溶液中去除蛋白質(zhì)的酚/氯仿抽提法的原理是：交替使用酚，氯仿這兩種不同的蛋白質(zhì)變性劑，以增加去除蛋白質(zhì)雜質(zhì)的效果。

      因為酚雖能有效地變性蛋白質(zhì)，但它不能完全抑制RNA酶的活性，而且酚能溶解10-15% 的水，從而溶解一部分ploy（A）RNA。

      為克服這兩方面的局限，混合使用酚與氯仿，對于RNA提取，顯得更加重要，氯仿還能加速有機相與液相分層，去除植物色素和蔗糖。

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