隨著(zhù)分子生物學(xué)的迅速發(fā)展, 細菌的分類(lèi)鑒定亦從傳統的表型分類(lèi)進(jìn)入到各種基因型分類(lèi)水平, 如(G+ C)mo l%、DNA 雜交、rDNA 指紋圖、質(zhì)粒圖譜和16S rDNA 序列分析等。rRNA 存在于所有細菌中,rRNA 基因由保守區和可變區組成, 在細菌中高度保守。rRNA 基因包含5’端到3’端的若干種成分, 分別是16S rDNA、間區、23S rDNA、間區和5S rDNA。由于16S rDNA 序列在原核生物中的高度保守性, 對于相近種或同一種內的不同菌株之間的鑒別分辨力較差。23S rRNA 分子比較大(約3kb 左右) , 并且只有少數種的核酸序列被報道, 尚未在細菌的分類(lèi)和鑒定中得到廣泛應用。16S-23S rDNA 間區( In tergen icSpacer Region, ISR ) 由于沒(méi)有特定功能和進(jìn)化速率比16S rDNA 大10 多倍近幾年來(lái)在細菌鑒定和分類(lèi)方面倍受關(guān)注。一些細菌的16S223S rDNA ISR 的數目、大小和序列已經(jīng)報道, 它們之間的不同使其在細菌系統發(fā)育學(xué), 特別是相近種和菌株的區分和鑒定方面占據了一席之地。
PCR-RFLP(PCR Restriction fragment length polymorphism)
通過(guò)PCR擴增分枝桿菌染色體上一段DNA，將擴增產(chǎn)物經(jīng)限制性?xún)惹忻赶?，將消化的樣品進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳分析，不同分枝桿菌酶切片段的數量或大小不同，電泳圖譜呈現多態(tài)性。如對16-23srDNA基因PCR擴增，擴增片段（350bp）經(jīng)識別4個(gè)堿基序列的限制性?xún)惹忻窰aeⅢ、MPPI酶切消化后進(jìn)行分析，可以鑒別不同分枝桿菌復合群。對分枝桿菌屬特異的16srDNA片段PCR擴增，所得DNA片段(1500bp)經(jīng)CfoI,MboI,RsaI酶消化，電泳分析酶切譜型也可對分枝桿菌進(jìn)行鑒定。熱休克蛋白（hsp65）基因保守性較強，存在于所有分枝桿菌，用PCR擴增hsp65的一段基因片段（439bp）并用BstEⅡ和HeaⅡ酶切消化分析34種分枝桿菌，顯示出不同分子量的帶譜圖譜。Plikayti擴增標本hsp65基因，產(chǎn)生一條1380bp的序列，用BstEⅡ和XhoI消化擴增，19種常見(jiàn)分枝桿菌均產(chǎn)生可鑒別的帶型，該方法可鑒定90%以上的致病性分枝桿菌。另外Niemann對 gyrB DNA序列擴增出1020bp的片段，用3種限制性酶酶切可以將結核分枝桿菌復合群分開(kāi)。用PCR-RFLP的關(guān)鍵在于引物的設計和內切酶的選擇。
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細菌如果這里是指狹義的原核微生物鑒定則只能用16SrDNA序列分析，因為23SrDNA是真核生物特有的，所以如果這里細菌是指廣義的微生物的話(huà)，你要首先把工作分成兩塊，一塊原核微生物用16SrDNA，另一塊真核微生物用23SrD
（本文轉載：丁香通）
