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菌落PCR

實(shí)驗方法原理

       直接挑取菌落進(jìn)行PCR,PCR的95℃加熱可以破胞,釋放基因組DNA或質(zhì)粒,成為PCR體系的模板,然后進(jìn)行鏈式擴增。

       實(shí)驗材料 基因樣品
       試劑、試劑盒 dNTPPCR混合液
       儀器、耗材 PCR儀
實(shí)驗步驟 
      1.  PCR混合液的制備
      (1)Taq buffer(10×) 180 ul
      (2)dNTP(2.5 mM) 20~25 ul
      (3)Primer Forward(引物濃度在10 Pmol) 5 ul
      (4)Primer Reverse(引物濃度在10 Pmol) 5 ul
      (5)ddH2O 147 ul
      (6)Taq(2 U/ul) 12~15 ul
       2.  常溫下隨機挑選轉化板上的轉化子,用滅菌的牙簽或槍頭挑取單個(gè)菌落(強調單個(gè),不能是雙克?。?,在LB瓊脂糖平板上輕點(diǎn),做一拷貝。
       3.  然后將沾有菌體的牙簽或槍頭置于相應的裝有PCR管中或者96空pcr反應板(管子做好記號,如平板上點(diǎn)的是1#,則管子上也標1#,以便篩選到克隆后的擴到培養)。
       4.  挑好單克隆菌落后將之前配制好的PCR混合液加入體系是30 ul。
       5.  將混有菌體的PCR混合物置于PCR儀中,按常規條件擴增。
       6.  將擴增出來(lái)的反應液中加入溴酚藍或是其他染料,電泳檢測是否得到目的片斷。如有則為陽(yáng)性克隆。
       7.  將已經(jīng)接種有菌落的平板置37℃培養箱培養過(guò)夜,使菌落擴增。
       8.  次日挑選陽(yáng)性克隆做進(jìn)一步篩選或培養。步驟2也可以不點(diǎn)板,直接接種搖菌,如果早上做PCR的話(huà),下午就可以提質(zhì)粒,得到重組載體。

注意事項
       1.  設計引物很關(guān)鍵。一般如果是定向克隆,用載體上的通用引物即可;如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克?。ㄈ鐔蚊盖谢蚱侥┒诉B接),一條引物用載體,一條引物用目的基因上的,這樣就可以比較方便的鑒定了,而且錯誤概率很低。PCR條件的選擇接近最佳,同時(shí)挑取的菌體不宜太多,否則會(huì )有非特異性擴增。

       2.  使用的引物濃度不能太高,濃度過(guò)高會(huì )導致非特異性擴增,反應的循環(huán)數也不能太多,一般不超過(guò)25個(gè)。同時(shí)因為擴增的片段的GC含量問(wèn)題,有的GC含量很低,有的又很高,導致菌落PCR不容易擴增出目的條帶,在此建議在設置PCR程序時(shí)以高GC的溫度為上限,每一循環(huán)降0.2度左右。(轉帖)


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