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Southern Blot


1.首先是提取大量DNA,由于不同的材料的基因組大小不一樣,故上樣量也不同,但上樣量還是要大一些為好,一般30-50微克左右,若你的DNA質(zhì)量非常好,一般20微克左右就可以,有的材料如獐茅10微克就可以。

       注意,上樣量與DNA質(zhì)量,一定要用氯仿異戊醇抽提2遍,在用酚氯仿異戊醇抽提一次。

2. DNA酶切與精致

       酶切體系在300-500微升,酶切體系越大切的越完全。


       注:體系中先不加酶,在4℃放置4h,其間每隔15min,搖混一次,然后就加半量的酶,消化2h后再加入另一半。

3. 探針標記

       嚴格按著(zhù)試劑盒操作進(jìn)行,我們一般用的都是地高辛試劑盒,感覺(jué)很不錯。


       注:將lμg制備好的探針用滅菌的ddH2O稀釋至16μl,沸水浴10min變性,之后迅速置冰上冷卻5min。將DIG高效標記試劑充分混合,取4μl加到己變性的DNA混合物中,短暫離心,置于37℃水浴過(guò)夜。用的時(shí)候在變性一次。


4.轉膜:
       將跑好的膠進(jìn)行變性1小時(shí),中和1小時(shí),然后開(kāi)始轉膜,一般建議采用毛細管轉膜過(guò)夜,我們同時(shí)采用真空轉膜與毛細管轉膜,毛細管效果要好一些!

注:毛細步驟:準備一容器,內裝部分20×SSC,同時(shí)制備一個(gè)支持平臺,平臺上覆蓋以三層濾紙做成的紙橋,紙橋的兩端浸在20×SSC中,注意排除氣泡;
       將膠放置在紙橋上,排除氣泡,四周以保鮮膜環(huán)繞以防止SSC直接被紙巾吸收;
       剪下略大于凝膠的尼龍膜和濾紙(2張)將其在蒸餾水中浸泡5~10min。
       將膜放在膠上,避免產(chǎn)生氣泡,剪與膠一樣大的濾紙三張,用10×SSC 浸濕后放在膜上,同樣避免產(chǎn)生氣泡;
       在濾紙上放置5~7cm的吸水紙巾,紙巾上放置一玻璃板和重物,放置過(guò)夜;
       去除尼龍膜上面的全部物品,膜與膠一起移走,將膜一側放置在一張干凈的濾紙上,在烘箱中80℃烘干45min或在254nm紫外光下光照5min以固定DNA于膜上。

5.雜交
       預雜交:42度預雜交緩慢搖晃1個(gè)小時(shí),預雜交之前應先將預雜交液預熱到42度。
       雜交:將標記好的探針在沸水中變性10min,然后取出迅速放入冰浴中,待冷卻后,將探針加入雜交液(探針終濃度為25ng/ml),42℃振蕩14~18h。

6.洗膜:
       ①將雜交后的膜取出,用2×SSC,0.1% SDS在15~25℃漂洗2次,每次5min,漂洗過(guò)程中不停搖動(dòng);
       ②然后用用0.5×SSC,0.1% SDS在65~68℃漂洗2次,每次15min,漂洗過(guò)程中不停搖動(dòng);
       ③用Washing buffer洗5min,2次;
       ④將膜放入100ml Blocking solution中溫育30min,漂洗過(guò)程中不停搖動(dòng);
       ⑤將膜放入100ml Antibody solution中溫育30min,漂洗過(guò)程中不停搖動(dòng);
       ⑥用100ml Washing buffer洗15min,2次,漂洗過(guò)程中不停搖動(dòng);
       ⑦用20ml Detection buffer漂洗2~5min。取出尼龍膜用濾紙吸干,加入1ml地高辛化學(xué)發(fā)光底物,用保鮮膜包好,然后在15~25℃放置5min,漂洗過(guò)程中不停搖動(dòng);
       ⑧將保鮮膜趕平,在37℃烘箱中放置10min。


       注:Blocking solution與Antibody solution一定要先配先用!68度一定要充分洗膜。


7.顯影
       ①將用保鮮膜包裹的膜放入X光匣中,將DNA面與X光膠片相貼,曝光15~20min;
       ②在暗室中,取出X光膠片,置顯影液中顯影10min,停影3min,在定影液中定影10min后,用清水沖洗后晾干,觀(guān)察雜交結果。

       注,可以同時(shí)放兩張底片,若下面那張背景較重,則上面的一張應該比較適宜!


       (本文內轉載丁香通

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