案例：通過(guò)深度測序分析乳腺癌中 microRNA 的序列和表達
背景： microRNAs 調控很多對腫瘤發(fā)生非常重要的基因。乳腺癌中很多 microRNAs 是下調的，但系統的乳腺癌中 microRNA 的表達分析還沒(méi)有被報道。
目的： 利用 Illumina HiSeq2000 測序平臺對不同類(lèi)型乳腺癌組織和細胞進(jìn)行測序，分析其 microRNAs 表達差異。
結果：通過(guò)對 11 個(gè)正常乳腺組織，17 個(gè)非轉移組織，151 個(gè)轉移組織，及 6 種乳腺癌相關(guān)細胞系測序分析發(fā)現，正常組織中 miR-21 是高表達的，發(fā)生轉移的乳腺癌病人的乳腺組織中 mir-423 是上調的，三陰乳腺癌病人中 mir~17-92 是特異性上調的，但是這些變化并不顯著(zhù)。這些結果表明，基于 microRNAs 水平對乳腺癌類(lèi)型進(jìn)行區分及預測轉移統計學(xué)上可能是可行的，但是乳腺癌類(lèi)型及轉移的差異并不是由于富集的 microRNAs 的下調驅動(dòng)的，提示在乳腺癌的發(fā)展過(guò)程中起作用的 microRNAs 不多。
原文索引：
Farazi TA1, Horlings HM, Ten Hoeve JJ（2011）MicroRNA sequence and expression analysis in breast tumors by deep sequencing. Cancer research, 71(13), 4443-4453
圖 1: 病人樣品的 microRNAs 的聚類(lèi)分析
圖 2：microRNAs 與 mRNAs 的聚類(lèi)分析的比較
（本文轉載丁香園）
