Nat Gene: 單細胞分析解開(kāi)結直腸癌細胞的神秘面紗！
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發(fā)布時(shí)間：2017-03-23
——結合單細胞基因組學(xué)和計算機技術(shù)，一個(gè)研究團隊（包括來(lái)自杰克遜實(shí)驗室（JAX）單細胞生物學(xué)主任Paul Robson博士在內）鑒定出了11種結直腸癌腫瘤的癌細胞組成及鄰近的非癌細胞，這對于更好的腫瘤靶向診斷和治療很重要。
“使用單細胞測序?！盝AX科學(xué)家、這篇發(fā)表在Nature Genetics上的文章共同第一作者Elise Courtois說(shuō)道，“我們可以根據腫瘤中的細胞組成將結直腸癌進(jìn)一步分類(lèi)。因為每種亞型的腫瘤病人生存率存在差別，我們的方法將為腫瘤醫生提供更多的關(guān)于腫瘤預后和治療的信息?！?/span>
腫瘤基因組測序的進(jìn)步促進(jìn)了腫瘤亞型的分類(lèi)，引導了更精確的癌癥治療，提高了病人生存率。然而腫瘤通常由一系列腫瘤細胞和肺腫瘤細胞組成，這些細胞都促進(jìn)了腫瘤的生物學(xué)發(fā)展。
迄今為止，腫瘤基因表達都是通過(guò)大轉錄組方法進(jìn)行表征，提供的信息代表了許多種類(lèi)細胞的表達狀況。通過(guò)使用單細胞轉錄組分析技術(shù)，研究人員現在可以將腫瘤組織分成不同的成分進(jìn)行分析，因此能夠更深入地了解背后復雜的生物學(xué)機制。
Robson和論文共同通訊作者Shyam Prabhakar（新加坡基因組研究所計算生物學(xué)家）、Iain Beehuat Tan（新加坡國家癌癥研究中心臨床腫瘤學(xué)醫師）一起領(lǐng)導了這項研究，他們通過(guò)單細胞RNA測序技術(shù)分析了從結直腸癌及其周?chē)M織隨機選擇的626個(gè)細胞，并采用計算機通過(guò)新算法檢測每個(gè)細胞的轉錄組。研究人員發(fā)現了兩種獨特的腫瘤相關(guān)成纖維細胞（CAFs）。這些CAFs顯著(zhù)地促進(jìn)了間質(zhì)細胞基因組表達，這通常與一個(gè)叫做上皮間充質(zhì)轉化的癌細胞過(guò)程相關(guān)。他們的數據顯示CAFs可能導致結直腸癌病人預后更差。
Robson認為這些發(fā)現在未來(lái)進(jìn)一步細分結直腸癌及其它癌癥具有應用價(jià)值?！巴瑫r(shí)由于單細胞轉錄組分析的成本在不斷下降，腫瘤醫師能夠更好地進(jìn)行腫瘤表征，以指導腫瘤病人的治療?！? (轉載于生物谷）
