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CRISPR基因編輯技術(shù)在進(jìn)化發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域掀起熱潮

  從1893年以來(lái)的很多個(gè)夏天里,年輕的發(fā)育和進(jìn)化生化學(xué)家們都會(huì )蜂擁來(lái)到美國馬薩諸塞州伍茲霍爾(Woods Hole)開(kāi)始學(xué)習掌握“職業(yè)”的技巧;在聞名世界的麻省國家海洋生物實(shí)驗室( Marine Biological Laboratory)里,每年進(jìn)行胚胎學(xué)實(shí)驗課程的學(xué)生都會(huì )對海膽、櫛水母(腔腸動(dòng)物的一種)以及來(lái)自不同動(dòng)物的嫁接細胞進(jìn)行解剖,但在過(guò)去三年里,有強烈學(xué)習欲望的“學(xué)徒們”開(kāi)始了另一項工作:基因編輯。

  這種名為CRISPR–Cas9的精確、有效的基因編輯技術(shù)已經(jīng)開(kāi)始在全球多個(gè)生命科學(xué)研究實(shí)驗室開(kāi)始風(fēng)靡,如今該技術(shù)已經(jīng)席卷了整個(gè)發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域,研究者們也試圖去解釋進(jìn)化適應性背后所發(fā)生的發(fā)育改變。相比簡(jiǎn)單地推斷引發(fā)歷史性轉折的原因,比如解釋魚(yú)類(lèi)的四肢發(fā)育奧秘,科學(xué)家們更希望利用CRISPR基因編輯技術(shù)直接檢查這種假設,實(shí)際上這種理論是非常簡(jiǎn)單的,即關(guān)閉認為參與魚(yú)鰭發(fā)育的基因的表達,同時(shí)觀(guān)察是否魚(yú)類(lèi)開(kāi)始形成組裝“足部”的組織。

  而這正是研究者們在Nature雜志上所報道的,他們利用CRISPR技術(shù)來(lái)幫助解釋魚(yú)類(lèi)足部發(fā)育以及開(kāi)始行走的奧秘,而其他研究者則利用這種技術(shù)來(lái)確定蝴蝶如何進(jìn)化出敏銳的色覺(jué)以及介蟲(chóng)如何獲得爪子。來(lái)自喬治華盛頓大學(xué)的進(jìn)化生物學(xué)家Arnaud Martin則指出,CRISPR是整個(gè)生物學(xué)研究領(lǐng)域的巨大變革,但對于發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域而言,該技術(shù)則會(huì )帶來(lái)一定的革新能力,利用CRISPR技術(shù)我們就能進(jìn)行此前無(wú)法進(jìn)行的工作。

  來(lái)自芝加哥大學(xué)的研究者Neil Shubin利用基因編輯技術(shù)研究了在進(jìn)化歷程中,魚(yú)鰭的頂端或鰭刺如何被四足陸地脊椎動(dòng)物的腳或者足趾所替代;如今科學(xué)家們都知道魚(yú)類(lèi)也可以發(fā)育出四肢,2004年時(shí)研究者Shubin發(fā)現了3.75億年前的化石,而該化石似乎就幫助我們抓住了進(jìn)化變遷的關(guān)鍵過(guò)程,研究者認為,足部的進(jìn)化或許是進(jìn)化中的一種新事物,因為鰭刺和足部都是由不同類(lèi)型的骨質(zhì)所組成的。

  然而基因編輯技術(shù)就可以讓研究者改變主意,Shubin的研究團隊利用CRISPR對缺失多個(gè)hox13基因的斑馬魚(yú)進(jìn)行了工程化基因編輯,hox13基因在拋棄機體鰭條上扮演著(zhù)重要的作用。研究者指出,沒(méi)有任何一個(gè)突變體能夠完全生長(cháng)出成熟的足部結構,但某些突變體卻擁有排成指狀的鰭結構(fingery fins),這些結構由和構建四足動(dòng)物手指和腳趾的相同類(lèi)型骨質(zhì)結構所構成,研究者Shubin說(shuō)道,作為一名古生物學(xué)家,我認為這兩種類(lèi)型的骨質(zhì)結構在發(fā)育和進(jìn)化上完全不具有關(guān)聯(lián)性,而相關(guān)的研究結果正反駁了這一點(diǎn)。

  斑馬魚(yú)是一種流行的模式動(dòng)物,科學(xué)家們完全可以在實(shí)驗室對其基因組進(jìn)行有規律地操作,但CRISPR技術(shù)則會(huì )大大加速整個(gè)實(shí)驗過(guò)程,下一步研究者將會(huì )去敲除和擁有四肢的古代魚(yú)類(lèi)非常相近的魚(yú)類(lèi)機體中的hox13基因,這些實(shí)驗能夠順利進(jìn)行得益于CRISPR技術(shù)的幫助。

  目前幾乎找不到任何理由認為CRISPR基因編輯技術(shù)不能用于其它物種,研究者M(jìn)artin認為CRISPR似乎可以應用于任何有機體,他如今已經(jīng)成功將該技術(shù)應用于海洋甲殼類(lèi)動(dòng)物Parhyale hawaiensis中。今年1月份,刊登在國際雜志Current Biology上的一項研究報告中,研究者M(jìn)artin與其同事Nipam Patel就通過(guò)研究發(fā)現,使得物種機體中不同的Hox基因表達失活就可以干擾物種機體特殊附屬物比如觸角和爪子的發(fā)育,如果科學(xué)家們可以成功在實(shí)驗室繁育動(dòng)物的話(huà),那么其或許就能夠利用CRISPR技術(shù)對動(dòng)物的受精卵進(jìn)行研究。

  來(lái)自紐約大學(xué)的研究者Claude Desplan已經(jīng)成功在黃鳳蝶中成功地應用了CRISPR技術(shù),相關(guān)研究刊登在了上個(gè)月的Nature雜志上,文章中研究者檢測了一種理論,即相比諸如果蠅等昆蟲(chóng)而言,黃鳳蝶眼睛中的光感受器如何檢測廣譜的色譜,如今他們正在進(jìn)行實(shí)驗來(lái)將基因編輯技術(shù)應用于黃蜂和螞蟻中。

  到目前為止發(fā)育生物學(xué)家已經(jīng)開(kāi)始利用CRISPR技術(shù)消除基因的活性或引入基因,比如引入可以編碼綠色熒光蛋白的基因,從而實(shí)現對動(dòng)物發(fā)育的追蹤。但研究者M(jìn)artin期待更多研究者在不久的將來(lái)利用這種新型工具來(lái)精確改變動(dòng)物機體的DNA序列,從而檢測特殊遺傳改變的相關(guān)理論,這就包括調節性DNA序列的改變如何影響基因活性的改變,從而誘發(fā)機體的適應性改變,比如四足動(dòng)物長(cháng)出四肢。

  耶魯大學(xué)的研究者Bhart-Anjan Bhullar認為,很多研究者都對古代過(guò)渡物種的DNA序列做出了一定可靠的推測,并且利用CRISPR將這些DNA序列插入到了活體的動(dòng)物機體中進(jìn)行研究;去年他們的研究團隊就利用化學(xué)物成功修飾了雞的發(fā)育過(guò)程,研究者認為這可以幫助將獸腳類(lèi)恐龍的鼻子塑造成為現代鳥(niǎo)類(lèi)的喙,同時(shí)他們還希望利用CRISPR進(jìn)行后續的實(shí)驗。

  參與上個(gè)月胚胎學(xué)課程的研究者Bhullar表示,他對學(xué)生們進(jìn)行相關(guān)基因編輯試驗的成功案例深有印象,而且目前很多科學(xué)家已經(jīng)利用CRISPR技術(shù)對斑馬魚(yú)、青蛙、海鞘等動(dòng)物開(kāi)始編輯。最后Bhullar說(shuō)道,在CRISPR基因編輯工具的幫助下,對任何東西進(jìn)行操作都不成問(wèn)題,我們希望基于CRISPR的基因編輯技術(shù)能夠快速成為進(jìn)化發(fā)育生物學(xué)研究中的一項標準。

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