目的: 通過(guò)分析Fkbp51基因敲除(knock out,KO)與野生型(wild type,WT)小鼠肝臟表達譜,研究Fkbp51基因敲除對肝臟組織基因可變剪接的影響。
方法: 利用二代測序對Fkbp51KO與WT小鼠肝臟進(jìn)行表達譜測序,用TopHat對RNA測序結果進(jìn)行可變剪接分析,篩選出KO與WT小鼠肝組織中差異的內含子保留(intron retetion,RI)和外顯子跳躍(exon skipping,SE)。通過(guò)在線(xiàn)工具DAVID對這些差異可變剪接體進(jìn)行基因功能(gene ontology, GO)和代謝通路(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,同時(shí)用NCBI基因數據庫對這些基因進(jìn)行注釋。
結果: (1)Fkbp51缺失可導致小鼠肝臟mRNA可變剪接發(fā)生變化;(2)Fkbp51基因敲除造成小鼠肝臟mRNA可變剪接表達量的變化;(3)通過(guò)GO與KEGG分析,我們發(fā)現這些發(fā)生差異可變剪切的基因主要與脂肪相關(guān)衍生物的代謝、免疫、膽汁酸分泌等通路相關(guān)。(4)與差異內含子保留相關(guān)的基因主要與肌動(dòng)蛋白細胞骨架調控,氨基酸及其衍生物代謝相關(guān)。
結論: Fkbp51基因敲除能夠改變基因組中mRNA的可變剪切,進(jìn)而影響小鼠肝臟的代謝功能。