（1）標本間交叉污染:標本污染主要有收集標本的容器被污染，或標本放置時(shí)，由于密封不嚴溢于容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染；標本核酸模板在提取過(guò)程中，由于吸樣槍污染導致標本間污染；有些微生物標本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴散，導致彼此間的污染。

      （2）PCR試劑的污染：主要是由于在PCR試劑配制過(guò)程中，由于加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。

      （3）PCR擴增產(chǎn)物污染：這是PCR反應中最主要最常見(jiàn)的污染問(wèn)題.因為PCR產(chǎn)物拷貝量大（一般為1013拷貝/ml），遠遠高于PCR檢測數個(gè)拷貝的極限，所以極微量的PCR產(chǎn)物污染，就可造成假陽(yáng)就可形成假陽(yáng)性。

      （4）還有一種容易忽視，最可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染：在空氣與液體面摩擦時(shí)就可形成氣溶膠，在操作時(shí)比較劇烈地搖動(dòng)反應管，開(kāi)蓋時(shí)、吸樣時(shí)及污染進(jìn)樣槍的反復吸樣都可形成氣溶膠而污染。據計算一個(gè)氣溶膠顆?？珊?8000拷貝，因而由其造成的污染是一個(gè)值得特別重視的問(wèn)題。

      （5）實(shí)驗室中克隆質(zhì)粒的污染：在分子生物學(xué)實(shí)驗室及某些用克隆質(zhì)粒做陽(yáng)性對照的檢驗室，這個(gè)問(wèn)題也比較常見(jiàn)，因為克隆質(zhì)粒在單位容積內含量相當高，另外在純化過(guò)程中需用較多的用具及試劑，而且在活細胞內的質(zhì)粒，由于活細胞的生長(cháng)繁殖的簡(jiǎn)便性及具有很強的生命力，其污染可能性也很大。

    一個(gè)好的實(shí)驗室，要時(shí)刻注意污染的監測，考慮有無(wú)污染是什么原因造成的污染，以 便采取措施，防止和消除污染。

      1.  陽(yáng)性對照：在建立PCR反應實(shí)驗室及一般的檢驗單位都應設有PCR陽(yáng)性對照，它是PCR 反應是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個(gè)重要的參考標志。陽(yáng)性 對照要選擇擴增度中等、重復性好，經(jīng)各種鑒定是該產(chǎn)物的標本，如以重組質(zhì)粒為陽(yáng)性對照，其含量宜低不宜高（100個(gè)拷貝以下）。但陽(yáng)性對照尤其是重組質(zhì)粒及高濃度陽(yáng) 性標本，其對檢測或擴增樣品污染的可能性很大。因而當某一PCR試劑經(jīng)自己使用穩 定，檢驗人員心中有數時(shí)，在以后的實(shí)驗中可免設陽(yáng)性對照。

     2.  陰性對照：每次PCR實(shí)驗務(wù)必做陰性對照。它包括

     （1）標本對照：被檢的標本是血清就用鑒定后的正常血清作對照;被檢的標本是組織細胞就用相應的組織細胞作對照。

     （2）試劑對照：在PCR試劑中不加模板DNA或RNA，進(jìn)行PCR擴增，以監測試劑是否污染.。

     3.  重復性試驗。

     4.  選擇不同區域的引物進(jìn)行PCR擴增。