1. MSP原理:MSP是一種簡(jiǎn)便、特異的、敏感的檢測單基因甲基化的方式。其基本原理是用亞硫酸氫鈉處理基因組DNA,未甲基化的胞嘧啶變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變,然后用3對特異性的引物對所測基因的同一核苷酸序列進(jìn)行擴增。擴增產(chǎn)物用DNA瓊脂糖凝膠電泳,凝膠掃描觀(guān)察分析結果。
此原理的關(guān)鍵在于3對特異引物的設計。引物序列設計在富含胞嘧啶區域以區別亞硫酸氫鈉處理后轉化的非甲基化的DNA與未轉化的甲基化的DNA,在引物的3’端,至少含有3個(gè)CpG位點(diǎn),以保證區別甲基化與非甲基化DNA。野生型引物對直接根據基因組的待測序列設計。
甲基化引物對與非甲基化引物對分別根據待測序列的CpG位點(diǎn)甲基化與非甲基化時(shí),經(jīng)亞硫酸氫鈉轉化后的序列設計。野生型引物只能擴增出未經(jīng)亞硫酸氫鈉處理的基因片段,甲基化引物對與非甲基化引物對只能分別擴增甲基化與非甲基化的基因片段,由此達到檢測基因甲基化的目的。
2. 亞硫酸氫鈉處理DNA的具體方法
(1)在50ul體系中,DNA(2~5 μg)經(jīng)NaOH(終濃度值0.2 mol/L)在37℃變性10 Min。對于ng級別的人基因組DNA,在進(jìn)行修飾前加入2μg蛙魚(yú)精DNA為載體。
(2)加入30 μl剛配制好的10 mmo/L 氫醌與520/1的40.5%亞硫酸氫鈉混勻,之后石蠟油隔絕空氣的條件下,避光在50%溫育16 h。
(3)修飾后的DNA過(guò)WizerdDNA純化柱,用50/1 L 水洗脫。室溫下用NaOH(終濃度為0.3 mol/L)修飾5 min,之后用乙醇沉淀。
(4)DNA溶于20 μl 水中,立即使用或在-20℃保存。
3. MSP優(yōu)點(diǎn)與缺點(diǎn):與其他方法相比,MSP從非甲基化模板背景中檢測甲基化模板的敏感性大大提高,是最敏感的甲基化測定方法。其缺點(diǎn)是需要兩組已知的關(guān)鍵性CpG位點(diǎn)設計上下游引物,并且這些位點(diǎn)必須完全甲基化或完全不甲基化。事實(shí)上,能夠完全滿(mǎn)足這些條件的基因數目不多,該方法具有明顯的基因“選擇性”。在很多情況下,為了擴增到PCR產(chǎn)物,不得不降低退火溫度,其后果是形成許多非特異性產(chǎn)物。隨著(zhù)退火溫度的降低,該方法可靠性也隨之下降。