從富含多糖的植物組織中提取和純化 RNA
發(fā)布人:admin
瀏覽次數:1350
發(fā)布時(shí)間:2016-11-14
實(shí)驗方法原理
硫氰酸胍能溶解細胞并使蛋白變性. 當用于抽提緩沖液時(shí),可產(chǎn)生無(wú) RNase 的環(huán)境□組織抽提后,以中等轉速離心勻漿液,以除去小溶性多搪。用苯酚:氯仿將上清液抽提出,RNA 位于水相,DNA 和蛋白質(zhì)位于苯酚相和
兩相交界面。用乙酸鉀將位于水相的多糖選擇件的沉淀出來(lái),然后用氯化鋰選擇性地將 RNA 從殘余的污染物中純化出來(lái)。該方法成功地從多種在高濃度 CO2 環(huán)境中生長(cháng)的植物中提取了葉片 RNA, 證明了該方法的有效
性。
試劑、試劑盒
0.7mol L檸檬酸鈉 N-月桂肌氨酸(N-lauroyl sarcosine) 硫氰酸胍緩沖液 抽提緩沖液 氯仿 異戊醇 2mol L乙酸鈉 酸性苯酚異內醇 乙醇 2mol L乙酸鉀 10mol L LiCl TNE緩沖液 TE緩沖液 液氮
儀器、耗材
研缽和研杵 離心機 玻璃 Pasteur 吸量管
實(shí)驗步驟
一 材料與設備
1)0.75mol/L 檸檬酸鈉,pH7.0(含檸檬酸), 用 0.1?PC 處理并高壓滅菌
2)10%(m/V)N-月桂肌氨酸 (N-lauroyl sarcosine)
3) 硫氰酸胍緩沖液:用 293 ml 無(wú)菌去離子水,17.6 ml0.75mol/L 檸檬酸鈉,26.4m 丨 10%N-十二醇肌氨酸鈉,在廠(chǎng)家藥瓶?jì)扔谌芙?250 g 硫氰酸胍 (不用稱(chēng)重)
4) 抽提緩沖液:每 5 ml 硫氰酸胍緩沖液加 36ul 巰基乙醇。若被提取的組織中含多聚苯酚,抽提緩沖液中則可加入聚乙烯聚吡咯烷酮 (polyvinypoiypyrrolidone)(20%,m/m)
5) 氯仿:異戊醇 49:1(V/V)
6)2mol/L 乙酸鈉,加乙酸至 pH4.0
7) 酸性苯酚:500 g 晶體苯酚溶于 500 mli 離子水中,50 ml 每份于-20℃ 保存,4℃ 可保存一個(gè)月
8) 異內醇
9)70% 和 100% 乙醇
10)2mol/L 乙酸鉀,加冰乙酸至 pH4.8
11)10mol/L LiCl
12)TNE 緩沖液:10 mmol/LTris-HCl,PH7.5, 室溫,15 mmol/L,NaCl,1 mmol/LEDTA
13)TE 緩沖液:l0 mmol/LTris-HCL PH7.5 1 mmol/LTEDTA
14) 研缽和研杵
15) 液氮
16) 離心機
17) 玻璃 Pasteur 吸量管,200℃ 干烤至少 3 h
二 操作方法
1) 在液氮中將 0.4 g 組織研磨為細粉末,勿讓組織解凍
2) 在研磨過(guò)程中,加入 3.5 ml 抽提緩沖液,充分研磨。將勻漿轉移到一個(gè) 10 ml 聚丙烯管=用 1 ml 抽提緩沖液沖洗研杵和研缽,然后移至聚丙烯管中。
3)23000 g,4℃, 離心 20mim
4) 用烤過(guò)的玻璃吸量管將 hS 懸浮液移入 l0 ml 聚丙烯管。
5) 加 0.4 ml2mol/L 乙酸鈉,混勻。加 4 ml 苯酚,混勻。加 0.8 ml 氯仿:異戊醇,混勻。
6) 聚丙烯管置于冰上 15 min
7) 離心,方法如步驟 3)
8) 用烤過(guò)的玻璃吸量管將上層懸浮液移入 30 ml 聚丙烯管,加入同樣容積的 2mol/L乙酸鉀,混勻。
9) 聚丙烯管置于冰上至少 30 min
10)44000 g,4℃ 離心 20 min。
11) 將上清液移入 15 ml 聚內烯管,加 0.6~1 倍體積的 100% 的預冷異丙醇,混勻,-20℃ 放置 45 min
12) 以 27OOOg,于 4℃ 離心 20 min
13) 輕輕倒出上清液,用 Iml70?乙醇洗滌沉淀,如步驟 12 離心 3mim 盡可能將乙醇倒凈。
14) 加人 400ulDEPC 水溶解沉淀,移至 1.5 ml 管中。
15) 加 100ul10mol/LLiCl, 放置至少 2 h。
16)12000 g,離心 20 min
17) 用 1 ml70% 乙醇洗滌沉淀兩次
18) 加入 200ulTNE 重懸沉淀,再加 500ul100% 乙醇,-20°C 放置至少 15 min。
19) 如步驟 16 離心 5mim。
20) 用 lml70% 乙醇洗滌沉淀兩次。
21) 加入 200~400ulTE 重懸沉淀。
22) 將每個(gè)樣本稀釋 30~50 倍,在 230mn、260mn、280nm 測量光吸收值。
注意事項
1) 最初的離心除去了大部分不溶性多聚糖,如淀粉顆粒。殘余的組織在管的底部形成暗綠色沉淀 (若用的是葉子),不溶性多糖在殘余組織上面形成灰白色膠狀層
2) 當吸取上清液時(shí),應十分小心,勿攪亂膠狀沉淀,因為該層非常軟。上清液的體積大約 4 ml,若因沉淀多面使液體體積明顯不足時(shí),用柚提緩沖液補足
3) 加人乙酸鉀后,延長(cháng)孵育時(shí)間(達 30 min) 會(huì )提高 RNA 的質(zhì)景,尤其在出現蛋白污染時(shí)。多糖會(huì )形成灰白色膠狀沉淀。若所用的組織多糖含量髙. 延 K 孵育時(shí)間(至 60 min) 也有助于沉淀更多的多糖
4) 加人異丙醇后,不應看到沉淀,任何可見(jiàn)的沉淀是表明大量多糖的存在. 孵育時(shí)間大于 60 min,就會(huì )形成多糖沉淀
5)RNA 沉淀應為白色,若有灰白色膠狀沉淀則為多糖污染。遇到該情況,將沉淀再懸浮于 200ul TE, 加 1 倍體積的 2mol/L 乙酸鉀,冰上孵育 30 min。12000 g,4°C 離心 20 min. 將上清液移至一新 1.5 ml 管中,用
2.5 倍體積的 100% 乙醇沉淀RNA,-20℃15 min。繼續方法中的步驟 16)
6) 判斷 RNA 分離的成功與否,可通過(guò)測量在 230nm、260nm、280mn 處的紫外吸收來(lái)評估 RNA 的產(chǎn)量和質(zhì)量。若 A260/230 值小于 2, 則表明多糖和/或多聚苯酚污染;若A260/280 比值小于 1.7, 表明蛋白污染,在瓊脂
糖凝膠匕出現的 28S 和 18S rRNA,可用以評 估 RNA 的完整性
7) 該法提取的 RNA 適于 poly(A)+ 的分離,Northern 印跡分析,cDNA 分析,RT-pcr 擴增。