一、RNAi的分子機制

  通過(guò)生化和遺傳學(xué)研究表明，RNA干擾包括起始階段和效應階段(inititation and effector steps)。在起始階段，加入的小分子RNA被切割為21-23核苷酸長(cháng)的小分子干擾RNA片段(small interfering RNAs, siRNAs)。證據表明；一個(gè)稱(chēng)為Dicer的酶，是RNase III家族中特異識別雙鏈RNA的一員，它能以一種ATP依賴(lài)的方式逐步切割由外源導入或者由轉基因，病毒感染等各種方式引入的雙鏈RNA，切割將RNA降解為19-21bp的雙鏈RNAs(siRNAs)，每個(gè)片段的3’端都有2個(gè)堿基突出。

二、如何進(jìn)行RNAi試驗

  Tuschl等建議在設計siRNA時(shí)不要針對5'和3'端的非編碼區（untranslated regions，UTRs)，原因是這些地方有豐富的調控蛋白結合區域，而這些UTR結合蛋白或者翻譯起始復合物可能會(huì )影響siRNP核酸內切酶復合物結合mRNA從而影響siRNA的效果。

  (2)將潛在的序列和相應的基因組數據庫（人，或者小鼠，大鼠等等）進(jìn)行比較，排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。

  例如使用BLAST（ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）

  (3)選出合適的目標序列進(jìn)行合成。通常一個(gè)基因需要設計多個(gè)靶序列的siRNA，以找到最有效的siRNA序列。

  一個(gè)完整的siRNA實(shí)驗應該有陰性對照，作為陰性對照的siRNA應該和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒(méi)有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA序列打亂，同樣要檢查結果以保證它和目的靶細胞中其他基因沒(méi)有同源性。

  http://design.dharmacon.com/catalog/category.aspx?key=49

  http://python.penguindreams.net/Order_Entry/jsp/BrowseCatalog.jsp?Category=Published

（本文轉載丁香園）