Nat Genet：大數據分析揭示HCV如何與人宿主相互作用
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發(fā)布時(shí)間：2017-04-15
一項針對丙型肝炎病毒（HCV）和500多名HCV感染者的大數據研究有助更好地理解這種病毒如何與它的人宿主相互作用。
來(lái)自英國、瑞士、美國、加拿大、比利時(shí)和瑞典的研究人員首次開(kāi)發(fā)出一種方法來(lái)分析和比較HCV的遺傳組成，以及500多名HCV感染者的遺傳組成。通過(guò)一起加以研究，這將讓研究人員對HCV和人基因組如何與這種病毒相互作用并且改變這種病毒提供新的見(jiàn)解。相關(guān)研究結果于2017年4月10日在線(xiàn)發(fā)表在Nature Genetics期刊上，論文標題為“Genome-to-genome analysis highlights the effect of the human innate and adaptive immune systems on the hepatitis C virus”。論文通信作者為來(lái)自英國牛津大學(xué)的Ellie Barnes教授和Chris Spencer博士。
病毒性肝炎是全世界死亡和殘疾的主要原因之一，2%～3%的世界人口被認為感染上HCV。在英國，據估計，有30萬(wàn)人感染上這種病毒。很多人并沒(méi)有意識到他們感染上這種病毒，未接受治療，從而導致肝病和肝癌。
Barnes說(shuō)，“這是首次利用一項大數據研究一同探究了一種病毒和它的宿主。我們鑒定出人基因組中的兩個(gè)位點(diǎn)，在這兩個(gè)位點(diǎn)發(fā)生的調節著(zhù)我們的免疫系統的遺傳變異影響這種病毒的遺傳多樣性?！?/span>
“可用的新藥物能夠清除HCV感染，但是它們是非常昂貴的，而且當前對它們的獲得是受到限制的。這些藥物也比其他的藥物不難么有效地治療存在的7種HCV毒株中的一些毒株導致的感染。這突出強調了理解這種疾病的遺傳基礎在未來(lái)開(kāi)發(fā)新的療法中的重要性?！?/span>
“在15年內，對HCV等致病性微生物的DNA測序將變成健康醫療的一個(gè)常規的部分。這種信息能夠被用來(lái)調整每名病人的療法，從而有助確保這些病人服用最好的藥物或在恰當的時(shí)間里最有可能控制這種感染或者從這種感染中康復過(guò)來(lái)?！?/span>
STOP-HCV是由英國醫學(xué)研究委員會(huì )（MRC）資助的和在英國牛津大學(xué)領(lǐng)導下的一個(gè)全國聯(lián)盟。該聯(lián)盟的研究人員正在開(kāi)發(fā)大的遺傳數據集以便改善HCV療法，和更好地理解HCV感染的生物學(xué)特征。
這項研究特別關(guān)注了隨著(zhù)時(shí)間的推移改變HCV的兩個(gè)人基因位點(diǎn)。
人基因組的一個(gè)位點(diǎn)（即HLA基因，編碼人白細胞抗原分子）揭示出HCV基因組中試圖發(fā)生突變來(lái)逃避人免疫系統識別的那些序列。這些研究人員利用這些數據繪制出HCV基因組的這些選擇性壓力的圖譜，從而能夠被用來(lái)找出對這種病毒存活至為關(guān)鍵的弱點(diǎn)。這些弱點(diǎn)能夠被作為開(kāi)發(fā)新的療法或疫苗的靶標。
這項研究關(guān)注的人基因組的第二個(gè)影響這種病毒的位點(diǎn)激活在一些人體內被關(guān)閉的一個(gè)免疫基因（編碼干擾素-λ先天免疫系統中的組分）。激活這個(gè)基因的影響是改變病人血液中存在的HCV病毒數量。
對病人的DNA和HCV的DNA的大規模分析將為研究人免疫系統天然地對HCV感染作出反應的方式和這如何影響病毒進(jìn)化提供機會(huì )。(轉載于生物谷）
